(1) 微生物直接投放法。方法与植物相似，检测降解前后石油污染土壤中微生物种群数量及结构，与正常土壤对比，可获得生物安全性信息。微生物种群结构分析可采用以下方案：①高通量测序法。对微生物宏基因组进行分析，获得修复前后微生物种群结构及相对数量。这是最理想的方案，但操作复杂、技术要求高、分析成本高，不易普及；②定量PCR 法。首先选择部分有代表性菌株，设计并合成相应定量PCR 引物，然后提取土壤总DNA，应用定量PCR 的方法检测标志性菌株的相对数量变化。该方法专业性强、误差较大，且对提取的DNA 质量有较高要求；③脂肪酸分析法。这是一种经典的基于GC-MS 技术的微生物种群结构分析方法，要求有相应的大型分析GC-MS仪器；④梯度稀释- 平板计数法。这也是一种常用的微生物数量分析方法，缺点是只能对土壤中可培养微生物总数进行测定，难以对微生物种群进行划分。

(2) 微生物降解产物投放法。可以采用微生物种群结构分析( 方法同上)，也可以应用发光杆菌对其生物毒性直接进行分析。后者是将石油降解产物加入发光杆菌培养液中，毒性物质的存在将导致发光杆菌的发光效率降低，通过测定一定时间内发光强度变化即可对待测物质的生物毒性进行分析。该方法是一种直观、可靠的生物毒性检测技术，目前已经广泛用于多种毒性物质的生物安全性分析。