选择合适的细胞系
• 功能特性
实验的目的是什么？例如肝脏和肾脏来源的细胞系可能更适合做毒性测试，大脑、脊髓组织来源的细胞多用于神经系统相关研究。
• 有限细胞系还是连续细胞系
虽然选择有限细胞系会使您在表达正常功能时有更多的选择，但是连续细胞系往往更容易扩增和维持。
• 正常还是转化细胞
转化细胞系通常生长速度较快，接种效率较高，且可连续培养，培养基中需要的血清较少，但是由于遗传转化，其表型已经发生了固定性变化。
• 生长条件和特性
对细胞生长速度、饱和密度、克隆形成率以及悬浮生长能力有何要求？例如：要大量表达重组蛋白，可能应选择生长迅速且能悬浮生长的细胞系。
• 其他标准
如果使用的是有限细胞系，细胞储备充足吗？细胞系的性质明确吗？需要自己进行验证吗？如果使用的是正常细胞系，有等效的正常细胞系可以作为对照吗？细胞系稳定吗？如果不稳定，那么这种细胞容易扩增以便为实验提供充足的冻存储备吗？
获取细胞系
可以通过原代细胞建立自己的培养系，或者也可选择从商业供应商或者非盈利性供应单位 (即细胞库) 处购买已经建立的细胞系。声誉良好的供应单位可提供的细胞系，而且会认真地对细胞系进行检测，以确保其完好性，并且未被污染。我们不建议从其他实验室借用细胞，因为这会带来很高的污染风险。无论来源如何，使用细胞之前都应确保所有新到细胞系已经过支原体污染检测。
培养环境
细胞培养的一大优势在于能够控制细胞生长的物理化学环境(即：温度、pH 值、渗透压、O2 和 CO2 浓度)和生理环境(即：激素和营养素浓度)。除温度外，培养环境均由生长培养基控制。
虽然细胞培养的生理环境不如其物理化学环境明确，但是通过对血清成分更好地了解、确定细胞增殖所需的生长因子以及更好地了解培养过程中的细胞微环境 (即：细胞间相互作用、气体扩散、细胞-基质相互作用)，现在可以采用无血清培养基进行一些细胞系的培养。
贴壁培养与悬浮培养
目前主要有两种基本的细胞培养体系，一种是使细胞在人工基质上单层生长 (贴壁培养)，另一种是使细胞在培养基中自由漂浮生长 (悬浮培养)。除造血细胞系和其他一些细胞外，大多数脊椎动物细胞均具有贴壁依赖性，必须在合适的基质上培养，且该基质必须经过特殊处理，以便细胞粘附和伸展组织培养处理。但是，许多细胞系也可采用悬浮培养，悬浮培养细胞可在未经组织培养处理的培养瓶中培养，但是培养容量表面积比(通常为0.2–0.5 ml/cm2)的增加，阻碍了有效的气体交换，因此需要对培养基进行搅动。这种搅动一般通过磁力搅拌器或者转瓶实现。
